L'histoire de Madiran et l'étymologie de son nom seraient issues du VIIIème siècle. En 732 ou 733, le peuple Maure aurait tenté d'envahir la Rivière Basse mais aurait subit une défaite face aux locaux. Le lieu-dit Maouras, en relation avec les maures, aurait donc donné plus tard le nom de Madiran. C'est en souvenir de la victoire que le blason de la commune possède deux têtes de maures à son sommet.

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C'est en 1030 qu'un dénommé Sancius fait construire une abbaye sur l'emplacement d'un ancien monastère en ruines. Cette abbaye est alors rattachée à Marcilhac dans le Lot (46). Entre 1030 et 1080 c'est une troisième église qui est construite par dessus l'ancienne suite à la demande de Guillaume Par.

C'est en dédicace à l'abbaye bénédictine du IXème siècle que le blason possède une croix archiépiscopale d'or.

En 1569 pendant les guerres de religion, les troupes de Jeanne d'Albret incendient l'église. Sa restauration ne se fait qu'au XVII ème siècle après le rattachement de l'église au collège des Jésuites de Toulouse en 1625.

Aujourd’hui, de ce monastère ne subsiste que l'église Sainte-Marie qui est classée au titre des Monuments Historiques le 28 novembre 1996.

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C'est notamment grâce à cette occupation monacale que Madiran doit sa réputation vinicole et ses nombreux vignobles aujourd'hui. En effet, ce sont les moines qui ont introduit les vignes sur le territoire et qui ont commencé à produire du vin. Cette origine est elle, aussi représentée sur le blason par la grappe de raisin.

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